В конце 1898 г. был разработан новый вариант плана войны с Японией, так как после постройки К.ВЖД и оккупации Квантунской области с Порт-Артуром для России на Дальнем Востоке создалась новая стратегическая обстановка. План предусматривал оборону Южно-Уссурийского края и Порт-Артура. При этом задача русских войск на Дальнем Востоке состояла лишь в том, чтобы замедлить наступление неприятельских войск до прибытия главных резервов из центра России. Из района сосредоточения, то есть Средней Сунгари, войска могли быть направлены или на выручку Порт-Артура, или в Корею.
Таким образом, войскам отводилась пассивно-оборонительная роль. Боевые операции сухопутных войск в обоих планах рассматривались отдельно от операций флота.
После оккупации русскими войсками Маньчжурии в 1900 г. и перехода в 1901 г. Тихоокеанской эскадры из Владивостока в Порт-Артур был разработан новый вариант плана боевых действий против Японии. Он состоял из четырех разделов: общие основания для действий русских войск в случае разрыва с Японией; первоначальное распределение войск по отрядам; распоряжение об объединении власти над войсками в Приамурском округе и в Маньчжурии; наименование частей, которые должны быть посланы из Центральной России и Сибирского округа на Дальний Восток.
В общих основаниях для действий против Японии, которые были утверждены Николаем II в августе 1901 г., боевые действия русской армии на Дальнем Востоке должны были развиваться в зависимости от действий противника. Если японцы ограничатся только оккупацией Кореи, то русские войска не будут вести никаких боевых действий против японцев. В случае наступления японцев Южно-Уссурийскому и Квантунскому отрядам, опирающимся на крепости Владивосток и Порт-Артур, надлежало осуществить оборону русских дальневосточных владений. Остальные войска, сосредоточенные в районе Мукден, Ляоян, Хайчен, не принимая решающих сражений, должны постепенно отходить к Харбину, по возможности сдерживая наступление противника. Если выявится, что главной целью японского наступления являются русские войска в Маньчжурии, то Южно-Уссурийскому отряду из района Владивостока предстояло передислоцироваться в Маньчжурию.
Таким образом, в отличие от плана 1898 г., план 1901 г. предусматривал перенос района сосредоточения Маньчжурской армии от Сунгари к югу — в район Мукден, Ляоян, Хайчен и переброску войск Южно-Уссурийского отряда из района Владивостока в Маньчжурию, а также перевод военной эскадры в Порт-Артур.
Как и в предыдущем плане, переход в наступление русских войск предусматривался лишь после того, как на Дальнем Востоке будет создано численное превосходство русской армии над японской. Поэтому русское командование планировало перебросить из Центральной России дополнительно на Дальний Восток 2 армейских корпуса и 4 резервные дивизии. Предполагалось, что только к концу седьмого месяца с прибытием указанных резервов будет создан на Дальнем Востоке достаточный перевес в силах: против 138 японских батальонов Россия сможет выставить 184 и при таком соотношении развернуть наступление своих войск и нанести решительное поражение Японии.
При составлении плана 1901 г. авторы исходили из того, что главные операции японцев будут развернуты в Южной Маньчжурии, наиболее вероятным местом высадки японского десанта будет Корея, русский флот не сможет помешать свободной высадке десанта, главным театром войны будет Маньчжурия.
Основная идея плана заключалась в том, чтобы удержать Владивосток и Порт-Артур и сдержать наступление противника до прибытия подкреплений. Что касается острова Сахалин, то в штабе Приамурского военного округа первоначально считали даже целесообразным «отказаться от обороны Сахалина и не только не увеличивать число войск, там расположенных, но, напротив того, уменьшить их до последней возможности». В дальнейшем решено было защищать остров силами 4 местных команд, сосредоточив 3 команды общей численностью 1162 человека в посту Александровском, северная половина острова, и команду в количестве 331 человека в посту Корсаковском, южная половина .
Одновременно с разработкой плана войны в штабе Приамурского военного округа подобная же работа велась в штабе войск Квантунской области. Здесь, как и в Хабаровске, считали, что главный удар японцев обрушится на Южную Маньчжурию, в частности на Ляодун, и что главные силы русской армии не должны вступать в решающие бои с превосходящими силами врага. Их задача на первом этапе войны состояла в том, чтобы по возможности сдерживать и замедлять наступление японских войск.
Для противодействия вторжению японцев в Маньчжурию и их операциям против Порт-Артура с Ляодунского полуострова намечалось войска Квантунской области разделить на две группы. Одна группа предназначалась для операции вне области, другая для ее защиты, начиная с Цзиньчжоуской позиции. Обеим группам войск предписывалось удержать Квантунскую область, сосредоточив оборону на линии от Порт-Артура до Цзиньчжоуской позиции.
В сентябре — октябре 1903 г. на основе объединения планов войны, разработанных в штабе Приамурского военного округа и в штабе войск Квантунской области, был составлен последний вариант плана войны с Японией. Этот план содержал мероприятия, относившиеся только к периоду стратегического развертывания русской армии на Дальнем Востоке.
В окончательном виде план предусматривал сосредоточение главных сил русской армии в районе Ляоян, Хайчен и ведение оборонительных боев до тех пор, пока там не будет достаточного количества войск для перехода в наступление, в результате которого японские войска будут вытеснены из Маньчжурии и Кореи. Война должна завершиться высадкой десанта в Японии и разгромом японских вооруженных сил непосредственно на Японских островах. Конкретно боевые действия планировались лишь на период развертывания русских войск в Маньчжурии.
План не учитывал возможности одновременного наступления японцев в двух направлениях. Предполагалось, что главные силы противника будут брошены или против Порт-Артура, или против Маньчжурского отряда.
Не предусматривалась в плане и возможность того, что Япония еще до объявления войны произведет высадку в Корее, так же как и возможность внезапного нападения на русский флот в Порт-Артуре. В действительности японцы оказались в состоянии одновременно вести самым энергичным образом и атаку Порт-Артура, и операции против русских войск в Маньчжурии. Авторы плана полагали, что сосредоточение русских войск на линии Ляоян, Хайчен произойдет беспрепятственно и в полной безопасности и что японцы не смогут помешать русским войскам выполнить возложенные на них задачи.
При определении японских сил в расчет брались лишь полевые войска. В плане ни одним словом не упоминалось ни о резервных, ни о запасных частях японской армии. Предполагалось, что территориальная армия вследствие незавершенности организационного периода не сможет участвовать в боевых действиях.
Авторы плана ошибочно определили и темпы наступления японской армии, которые оказались более замедленными, чем предполагалось.
В основу плана была положена идея выигрыша времени для сосредоточения и развертывания главных сил русских войск на линии Мукден, Ляоян, Хайчен. Для достижения этой цели гарнизон Порт-Артура должен был во что бы то ни стало удержать, крепость, а часть полевых войск из числа развертывавшихся в районе Ляоян, Хайчен должна была постепенным отходом на север задержать наступление японцев на рубеже река Ялу, Феншуйлинский хребет, реки Хуньхе и Тайцзыхэ.
План стратегического развертывания русских войск на Дальнем Востоке, подписанный 5 (18) ноября 1903 г. Алексеевым, в декабре был рассмотрен военным министром Куропаткиным. Свои замечания на этот план он изложил в записке, адресованной в Главный штаб. Военный министр предложил образовать вместо 2 отдельных корпусов Южно-Маньчжурскую армию и указал на необходимость довести пропускную способность Сибирской железной дороги до 7 пар воинских поездов в сутки, а по южной ветке (КВЖД) — до 14 пар.
14 (27) января 1904 г. план стратегического развертывания, подписанный наместником, был утвержден царем.
В определении плана действий русских вооруженных сил на Дальнем Востоке Куропаткин придерживался еще более пассивно-оборонительного образа действий, чем авторы плана 1903 г. Этот план он считал очень оптимистичным. По его мнению, «никакие местности, никакие пункты не должны иметь такого значения, чтобы отстаивать их». Царю он писал: «Ныне, как и два года тому назад, мы должны держаться против Японии оборонительного способа действия. Хотя мы и выдвинем свои войска на линию Мукден, Ляоян, Хайчен, но отстоять Южную Маньчжурию в первом периоде войны, если туда вторгнется вся японская армия, не можем. Мы должны... готовиться, что Порт-Артур будет отрезан на довольно продолжительное время, и, не допуская наши войска до частного поражения, должны отступать по направлению к Харбину до тех пор, пока прибывшими с тыла подкреплениями не будем усилены настолько, что получим возможность, перейдя в наступление, разгромить японцев».
При разработке плана войны русское командование, казалось бы, в первую очередь должно было учитывать островное положение Японии, относительную близость Японского архипелага к театру военных действий, а также огромную удаленность русских баз Порт-Артура и Владивостока от Европейской России. Поскольку боевые действия японской армии на материке целиком зависели от путей сообщения, русское военное командование, планируя предстоящую войну, в первую очередь должно было готовить свои силы к встрече с противником на море. Даже при небольшом количестве войск в Маньчжурии в случае победы русского флота успех кампании, а может быть и всей войны, оставался за Россией. В то же время победа Японии на море заставляла рассчитывать только на победу русских войск в Маньчжурии, в то время как территория островной Японии была бы для них недоступна.
Тем не менее планы войны на суше и на море разрабатывались независимо друг от друга и не были увязаны между собой.
Первый вариант плана войны с Японией на море был разработан в штабе начальника Тихоокеанской эскадры адмирала Н. И. Скрыдлова в 1901 г. Этим планом предусматривалось, что базирование главных сил эскадры будет осуществляться на Владивосток. Адмирал Е. И. Алексеев, ставший в 1903 г. наместником на Дальнем Востоке, выступил против этого плана. Чтобы приблизить флот к театру военных действий, он добился пересмотра вопроса о базировании флота. Отныне флот располагался в Порт-Артуре. Морским силам России на Тихом океане ставилась задача воспрепятствовать проникновению неприятельского флота в Желтое море и не позволить противнику высадить войска на западном берегу Кореи или в устье реки Ялу. Кроме того предполагалось выделение отдельного крейсерского отряда, базировавшегося на Владивосток, который смог бы отвлечь часть сил противника с главного театра военных действий.
Окончательный план войны на море был утвержден адмиралом Е. И. Алексеевым в 1903 г. План состоял из следующих частей: общие положения по оценке обстановки и задачи флота, организация флота на время войны, мобилизационные распоряжения и план минных постановок. Однако никаких оперативных расчетов в плане не имелось. Планировалось, что минные отряды из Порт-Артура будут препятствовать противнику в установлении блокады. Их же предполагалось использовать для целей разведки.
Признавая малочисленность русской эскадры на Тихом океане, морское министерство старалось усилить ее посылкой на Дальний Восток новых кораблей. В соответствии с этим дважды поднимался вопрос об уточнении задач, стоявших перед русским флотом. С прибытием на Дальний Восток отряда контр-адмирала Э. А. Штакельберга в составе 2 броненосцев, 6 крейсеров и 8 миноносцев, а затем эскадренного броненосца «Цесаревич» и крейсера «Баян» соответственно 17 (30) апреля и 18 (31) декабря 1903 г. на особых совещаниях обсуждалось изменение обстановки и уточнялись задачи русского флота. Поднимался вопрос о присоединении Владивостокского отряда крейсеров к главным силам. По решению наместника отряд так и не был переведен в Порт-Артур. Совещания пришли к выводу, что до прибытия на Тихий океан эскадры контр-адмирала А. А. Вирениуса план не менять.
Для действий Владивостокского отряда крейсеров на совещании 18 (31) декабря была утверждена специальная инструкция, по которой отряд контр-адмирала Штакельберга должен был решительными действиями у берегов Японии и у восточного побережья Кореи истреблять береговые сооружения, маяки и сигнальные станции и каботажные суда. Особое внимание уделялось району портов Пурига и Майдзуру. Дробить силы отряда запрещалось. Для целей разведки разрешалось выслать крейсер «Богатырь». Инструкция предусматривала следующее: при встрече с превосходящими силами противника отряд должен отходить к Владивостоку, стремясь увлечь на север японские корабли как можно дальше.
В то же время в итоге последнего совещания начальнику Тихоокеанской эскадры было предписано: «Крейсера не должны искать боя, но при благоприятных условиях не уклоняться, главная же задача — произвести панику в береговом населении и торговых судах Японии».
Таким образом, перед русским флотом на Тихом океане была поставлена основная задача: базируясь главными силами на Порт-Артур, удерживать господство на Желтом море и в Корейском проливе и не допустить высадки японских войск на западное побережье Кореи. Отряду крейсеров предписывалось боевыми действиями в Японском море отвлечь часть морских сил противника с главного театра военных действий и воспрепятствовать высадке японского десанта в Приамурье. Разработанный план минных постановок предусматривал постановку минных заграждений как у Порт-Артура, так и у Владивостока.
Даже в плане боевых действий была заметна боязнь потерять боевые корабли. Поэтому в заключении было записано, что на первом этапе войны следует «как можно дольше сохранить свои морские силы и никоим образом не проводить рискованные предприятия, хотя бы и смелые, каких, наверное, от флота будет ждать общественное мнение и даже часть личного состава».
Этот план с ярко выраженными оборонительными тенденциями недооценивал морскую мощь противника и изменение обстановки, которое произошло после выполнения Японией ее кораблестроительных программ.
План боевых действий русских морских сил на Тихом океане имел существенные недостатки: русские силы на Дальнем Востоке в силу своей малочисленности не могли выполнить поставленную перед ними задачу — удержать господство в Желтом море и Корейском проливе. В плане отсутствовала задача противодействия десантам противника на переходе морем и в период их высадки. Кроме того, как уже отмечалось, он не был увязан с планом боевых действий русской сухопутной армии, хотя флот должен был взаимодействовать с нею. Не могло положительно сказаться и то обстоятельство, что фактически флотом командовало не морское министерство, а наместник, не подчинявшийся министрам империи.