Для получения возможно более полных результатов, было предложено начать стрельбы с больших дистанций, но легкими снарядами, затем несколько выстрелов сделать из 164,7 мм орудия чугунными снарядами, снаряженными черным порохом для изучения последствий пожаров. Было также предписано подорвать несколько снарядов в местах, куда снаряды, исходя из условий проведения стрельб, попасть не могли, для того чтобы оценить нанесенный ими ущерб. Воздействие на боевую рубку без пробития ее брони, с целью определить степень воздействия газов в замкнутом пространстве, также могло дать интересные результаты. Следовало узнать характер воздействия мелинитных снарядов при попадании в угольные ямы. А также проверить сопротивляемость палубы. Надлежало провести стрельбу по тонкой броне в носовой части при угле встречи с ней снаряда в 45°, стрельбу по основанию носовой башни, стрельбы по башням главного калибра и по дымовым трубам и другим устройствам, предназначенным для подачи и вытяжки воздуха из корабельных отсеков. Нужно было проверить действие осколков снарядов против траверзов и бронированной шахте, соединявшей боевую рубку с центральным постом. Дымоходы при этом следовало защитить стальными листами толщиной 50 мм. Одну или две стрельбы следовало провести по казематам, расположенным напротив одной из дымовых труб. Это испытание, должно было помочь определить эффективность защиты казематов и определить последствия внешнего взрыва на снаряды, находившиеся внутри казематов. Стрельбы по дымовым трубам имели целью выявить насколько упадет тяга, при их повреждении и степень защищенности при этом котлов.
С целью определения степени воздействия ядовитых газов было предложено разместить ниже бронепалубы живых животных и запустить вентиляторы, расположенные там же, на подачу газов в подпалубное пространство. Для этой цели были определены собаки из питомников Тулона, которых в назначенный день следовало доставить на корабль.
В носовой части, там где размещался корабельный лазарет, и где остались нетронутые пожаром места, было решено проверить насколько опасным может оказаться возгорание линолеума, краски и клея.

Комиссия контр-адмирала Овэр быстро внесла изменения в программу стрельб с учетом предложенного на конференции офицеров флота. Итоговый документ был составлен 22 декабря 1908 года. Стрельбы легкими полубронебойными снарядами калибра 305 мм и 194 мм было решено не вести. С другой стороны, приоритет был отдан стрельбам на малых дистанциях.
Вскоре после приказа №960 от 12 сентября была создана еще одна комиссия под председательством капитэн де фрегат Ланксад, командира броненосного крейсера  Latouche Treville, в задачу которой входила разработка подробной программы подготовки Iena к экспериментальным стрельбам.
В конечном итоге,  стрельбы были проведены с использованием следующих типов снарядов:
Калибр 164,7 мм:
-бронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
-полубронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
-стальной снаряд длиной 3,3 калибра, снаряженный мелинитом;
-стальной снаряд длиной 4 калибра, снаряженный мелинитом;
-чугунный снаряд, снаряженный черным порохом;
Калибр 194 мм:
-бронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
-полубронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
Калибр 240 мм:
-легкий бронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
-полубронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
-чугунный снаряд, снаряженный мелинитом;
-удлиненный снаряд (guerre);
Калибр 305 мм:
-бронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
-полубронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
-легкий бронебойный снаряд, снаряженный мелинитом;
-чугунный снаряд, снаряженный мелинитом.

После рассмотрения планов работ и цен, глава службы выдачи контрактов ходатайствовал перед морским министров о выдаче контракта мсье Фавр из Марселя. Министерская телеграмма от 13 марта 1908 года, направленная в Мисьесси, подтверждала право предприятия мсье Фавр на выполнение работ по заделке пробоины в корпусе броненосца. На инженеров Морель и Даво была возложена ответственность по наблюдению за ходом выполнения ремонтных работ. Флот содействовал работе гражданских специалистов посредством подготовки шаблонов шпангоутов и выслушивал их жалобы и пожелания. Фавр нес ответственность за качество выполняемых на корабле работ и сроки. Он должен был уложиться в шесть месяцев. Заделка пробоины оказалась делом нелегким. В итоге по виду получилась просто грубая заплата. Нельзя винить в этом работников фирмы, поскольку не следует забывать о том, что между шпангоутами №№ 61-84 не имелось поперечных переборок, шпангоут № 61 был сильно разрушен, часть шпангоутов была сильно расшатана, а шпангоут № 84 был изрешечен снарядами. Наконец обшивка в районе пробоины отсутствовала полностью или пострадала столь сильно, что на ее надежность нельзя было особо положиться. По расчетам, в случае возникновения проблем, в корпус могло попасть 3000 т воды.
Тем не менее, марсельское предприятие успешно справилось с контрактными обязательствами, и 8 октября 1908 года в 9 часов 30 минут  Iena вновь обрела плавучесть. При этом никаких деформаций зафиксировано не было. По итогам работы инженер 1-го класса Даво был даже внесен в список для награждения Рыцарским Крестом.

Тем временем своим чередом продолжалась подготовка бывшего броненосца для проведения по нему экспериментальных стрельб. 11 февраля 1909 года предприятия флота заказали у частных кампаний пробки на сумму 23000 франков, балласта на 6000 франков,  манекенов на сумму 8000 франков. Предприятия Дениел де Пари и Брусс де Лион поставили в Тулон 250 балласта. Также было необходимо обеспечить возвышение верхнего края бронепояса над уровнем ватерлинии на 1,20 м. Для этого на корабль завезли 1500 м³ земли. Ее разместили на спардеке (полубаке), а затем перенесли в котельные отделения и угольные ямы. На шпангоуте №61 была возведена кирпичная стенка с тем, чтобы укрепить переборку шпангоута, которая отделяла машинные отделения от кормовых отсеков. Все отверстия на спардеке в районе казематов и на бронепалубе были заделаны.

Провизор 1-го класса Ош и военврач 1-го класса Мулинье захотели установить деревянные домики, просто ввиду того, что им было важно выяснить степень их устойчивости к сотрясениям, передаваемым взрывной волной.
Площадь крыши боевой рубки и мостики Iena были сокращены по примеру броненосного крейсера Jules Michelet. На шлюпочную палубу корабля водрузили старые шлюпки, которые были предоставлены компанией Доменэ. 2 мая прибыли манекены, представлявшие собой людей в полный рост и сидя, а также устройства для передачи приказов и боевые укладки снарядов и зарядов, принятые на новых броненосцах типа Patrie и Democratie. Все дополнительное оборудование было установлено на корабль в период с 9 апреля по 15 мая. Последними прибыли вентиляторы с броненосца Magenta.

Корабль-цель 
Итак, 27 июля 1909 года, корабль отбуксировали к мысу Мед и поставили на четыре якоря на курс 210. На север от него находился мыс Мед, а южнее – замок Бреганкон.
Броненосец стоял у берега, имея под килем 9-10 метров воды.  В соответствии с условиями стрельб, корабль  следовало либо передвигать для того, чтобы обеспечивать необходимые углы попадания в него снарядов (видимо, перетягивать на якорях – прим. автора), либо поставить его на позицию, одинаково приемлемую как для обстрела с больших дистанций, так и для обстрела с берега.
Стреляющие корабли, при ведении обстрела с малых дистанций, располагались на расстоянии 630 м от Iena. Они стояли ошвартованные на трех бочках. Перед проведением стрельб с больших дистанций, корабли становились на якорь в 5400 м от своей цели. От 240 мм и 164,7 мм орудий, установленных на берегу, до Iena дистанция составляла 250 м.

В соответствии с запиской от 22 декабря 1908 года, комиссия для каждой стрельбы определяла линию прицеливания в какую то часть корабля и дальность стрельбы (то есть на стреляющих орудиях выставлялись все необходимые установки для стрельбы – прим. автора).  Делалось это заранее, чтобы к началу стрельбы в этих местах (башнях или казематах) не было бы никого из наблюдателей и персонала. Стрельбы велись либо с помощью электроспуска, либо с помощью электрически воспламеняемых пиропатронов. Средняя продолжительность выполнения операции по наводке орудия между двумя выстрелами составляла примерно полчаса. Но некоторые длились гораздо дольше, но лишь по причине неблагоприятных условий. Точки наводки на Iena (мишени – прим. автора), при стрельбе с малых расстояний, наносились на листе белой бумаги размерами 1 м х 1 м в виде белых крестов на фоне темного круга, которые затем закреплялись на корабле. При стрельбе с больших дистанций, размеры увеличивались до 6 м, но мишени наносились на корпус краской.

В своем циркуляре от 30 января 1909 года, морской министр доверил контр-адмиралу Фабурнэ де Монферан, командующему 5-м районом, организацию новой комиссии, на которую возлагались организация и проведение экспериментов. Сам адмирал ее и возглавил. Состав этой комиссии во время работ менялся, но ее первоначальный состав был следующим: капитэн де вассо Траку, зам предкомиссии, летьен де вассо Дюпон с броненосного крейсера Pothuau, летьен де вассо Копи с учебно-артиллерийского корабля Couronne и Буржугно с крейсера Descartes, командир артиллерийского эскадрона Хуссет при комиссии Де Гавр, капитан артиллерии Сегю, морской пиротехник порта Тулон и инженер 1-го класса Даво.

После нескольких задержек, первые испытания, стреляя фугасными снарядами, было решено провести 9 августа 1909 года  в 9 часов утра. Фактически, они не состоялись до 11 августа. По прошествии нескольких дней обстрела, точность попаданий возросла. Например, четыре 164,7 мм снаряда попали в амбразуру носовой башни, в различные открытее отверстия и даже в камбуз.

В распоряжении комиссии остались только 240 мм орудия, установленные на берегу. 9 сентября закончились пристрелочные стрельбы, и корабль еще раз изменил свое положение. Начиная с 16 числа того же месяца были проведены двухдневные стрельбы. 25 сентября пришлось устранять течь, которая могла поставить под угрозу плавучесть корабля-цели, после чего 29 числа состоялись стрельбы из 240 мм орудий. С 11 по 20 октября стрельбы выполнялись ежедневно.

26 октября Iena сел на мель из-за плохой погоды, но быстро был стянут на глубокую воду. 28 октября обстрел 305 мм снарядами прекратили и перетянули корабль, так чтобы было удобнее подвергнуть его обстрелу из 240 мм орудий, установленных на берегу. Эти стрельбы были завершены 4 ноября. 3, 4 и 5 ноября Iena стали подвергать обстрелу снарядами различных калибров. 13 ноября в Мийо подготовили снаряды для обстрела корабля с дистанции 6000 м с соответствующими зарядами. Это были снаряды калибров 164,7 мм, 194 мм и 305 мм, снаряженные взрывчатым веществом и промытые ацетоном, в соответствии с циркуляром от 14 мая 1909 года.

Но 2 декабря 1909 года в 10-50, в Париже получили телеграмму следующего содержания: «Во время шторма с запада,  Iena пришлось принимать очень высокие волны с носовых курсовых углов правого борта. Я боюсь, что он перевернулся. Его фок-мачта повреждена». В 11-10 была получена еще одна телеграмма: «В 11-00 наблюдатель с Поркеолл донес, что Iena лег на правый борт и затонул… Буксир прекратил буксировать его в Поркеролл».