///просто зам Исаков стал 1-м замом, а Левченко занял бывшее место Исакова. Галлер как был НГМШ, так им и остался.
Но фунционал мог поменяться...

///Почему Вы так считаете? Функционал определялся положением, а оно тогда не менялось.

Я ответил выше, возможно вы не заметили.

- Изначально так и было - 1-й зам + 2 просто зама. Но неразбериха с арестами и командировками меняла распределение обязанностей между ними. А так как все происходило быстро, Положение о НКВМФ никто не менял, все делалось явочным порядком...

Это сугубо мое предположение, основанное на логике событий и сопоставлении дат.

Косвенное подтверждение: Исаков едет в США как просто зам (с функционалом по кораблестроению). На эти переговоры возлагаются большие надежды (вплоть до закупок чертежей новых ЛК). И во время командировки Исаков становится 1-м замом. Кузнецов только назначен Наркомом, а 1-й зам - в США. Логично, что его функционал до прибытия обратно не меняется - Исаков занимается там решением кораблестроительных вопросов. И по прибытию скорее всего тоже - ибо это на тот момент в приоритете у Сталина - новая программа кораблестроения - "мы строим и построим большой советский флот". И до этого именно Исаков напрямую докладывал Сталину вопросы кораблестроения. Это понимает Кузнецов, но в наркомате дел других - выше крыши. Галлер как зам и нач-к ГМШ - занимается ГМШ, он в возрасте, опять же известен осторожностью. Нагрузить его дополнительно - Кузнецов не рискует, делать все сам - погрязнуть в текучке. Поэтому появляется Левченко - для наведения пролетарского порядка, подтягивания аппарата наркомата расшатанного при партийце Смирнове и чекисте Фриновском. Для Кузнецова - перефразируя Герцена - он как прямая, нерассуждающая палка (окажется по пословице - о двух концах, одним из которых стукнет и по Кузнецову, а потом станет невольным рычагом его вновь вытолкнувшим).
Затем ситуация меняется. Вопросы кораблестроения остаются актуальными, но Кузнецов освоившись в наркомате обращает внимание и на оперативные дела, т.е. на ГМШ. Опять же Исаков - у Сталина на хорошем счету. Происходит логичная рокировка. Исаков с его большим штабным опытом и должностью 1-го зама становится одновременно нач-м ГМШ, что поднимает значение оперативных вопросов, и у него возможно есть контакт с Мерецковым, по недавней финской войне. Опытный Галлер - получает функционал по техническим вопросам (аналогия - Шапошников становитя замом НКО по УРам). Левченко - разгружает Кузнецова, возможно занимаясь рядом управлений (нужно посмотреть чем он вообще занимался реально - какие дела рассматривал и т.п.)...
Как-то так.

///для меня логика событий выглядит иначе

Осталось посмотреть чем Левченко занимался как замнаркома. В своих весьма убогих воспоминаниях он об этом не пишет, от слова совсем...

И вы так и не ответили на вопрос - а чем же занимался унтер Левченко??